Вариантов попадания вируса на сайт несколько, поэтому рекомендуем выполнить действия в следующем порядке:
1. Проверяем свой компьютер антивирусом (главное чтобы это был не бесплатный антивирус).2. Не сохраняйте пароли к хостингу в браузерах и ftp клиентах.
3. В основном вирусы прописываются в файлах index.php или index.html, а потому ищем в них чужой код и удаляем.
4. Проверяем права, на папки они должны быть 755, на файлы 644.
5. Меняем пароль к хостингу, личному кабинету, FTP и почте. Это можно сделать в Cpanel и ISPManager.
6. Проверяем сайт на вирусы антивирусной программой в панели хостинга.
7. Обновляем модули и платформу сайта до последних версий, а не нужные плагины и модули отключаем.
Вот такие простые действия помогут Вам избежать повторного заражения, при условии, что в самом сайте нет дыр.