Как добавить ещё одну базу mysql для второго домена?

Просто создайте еще одну базу в разделе "Базы данных" панели управления Cpanel или панели ISPManager.

Ораничения на базы MySQL.

Количество баз данные указано в тарифных планах виртуального хостинга.
К примеру на тарифе "Первый" можно создать только 2 базы данных.
На остальных тарифах виртуального хостинга количество баз неограниченно.
Размер базы данных только ограничен свободным местом на хостинг-аккаунте.