Проблема в том, что значение занимаемого места в Cpanel обновляется не сразу а в течении суток.
Через небольшой промежуток времени Cpanel пересчитает занимаемое место и снова будет отображать его точно.
Также можно посмотреть подробней какие папки занимают больше всего места на хостинге в меню "Занимаемое дисковое пространстово" панели CPanel.