На главной страничке cPanel показывает, что на сервере занято места больше, чем суммарно отображается в информации по объему папок на сервере.

В объем дискового пространства хостинга входит вся информация находящаяся на аккаунте пользователя:
1. Все файлы и папки в директории /public_html/
2. Содержимое баз MySQL
3. Письма, находящиеся в почтовых ящиках (включая главный аккаунт)
4. Файлы статистики из папки /tmp.
5. Архивы, файлы и папки в корне аккакнта /

Важным моментом является наша рекомендация не удалять системные файлы и папки из корня аккаунта!