В какую папку закачивать сайт?

Если у вас хостинг с панель Cpanel то для главного домена нужно сайты закачать в папку:

/public_html/

Если вы добавляете еще сайты в Cpanel то при их добавлении в корне аккаунта создаются папки по имени домена.
В этом случае нужно закачать сайт именно в папку созданного домена.

В какую папку закачивать сайт в ISPManager

В ISPManager папки сайтов создаются по имени домена в:
www