Подскажите, пожалуйста, как удалить через FTP неудаляемые файлы?

Проблема с невозможностью удаления файлов обычно возникает с кириллическими названиями папок или файлов.
Попробуйте через cPanel -> Файл Менеджер.
Если не поможет, сообщите нам в тикет-системе биллинга полный путь до файла - мы удалим.